Narra la vida de un grupo de superhéroes adoptados por un inventor llamado Reginald Hargreeves. La historia se centra en los conflictos que existían en el grupo desde el principio, basándose en la vida de Vanya Hargreeves, en la rivalidad entre Diego y Luther, y en cómo la Academia fue preparada desde la infancia para acabar con una amenaza que trataría de destruir el mundo, sin imaginarse que esa amenaza era su propia hermana.